Pada 9 Oktober 2023, beliau telah ditahan oleh tentera Israel dan ditempatkan dalam penjara di Tebing Barat, dalam Perang Palestin 2023. Beliau telah disahkan meninggal dunia pada 23 Oktober 2023 selepas tentera Israel mengeluarkan kenyataan pengumuman kematian tahanan tanpa menyebut nama. Pihak Israel menyatakan tahanan tersebut telah meninggal setelah “merasa tidak sedap badan dan pergi ke klinik penjara untuk menjalani rawatan”[2] dan akibat serangan jantung.[3] Hamas mengesahkan Omar meninggal dunia dan mendakwa kematiannya sebagai “mati syahid akibat penyeksaan yang dikenakannya di penjara pendudukan” dan menyifatkan kematian beliau sebagai ‘pembunuhan’ oleh kerajaan Israel.[4]